| Platz | Athlete | Land | Zeit | Anmerkung |
| 1. | Spyridon Louis | Griechenland | 2:58:50 | Olympischer Rekord |
| 2. | Charilaos Vasilakos | Griechenland | 3:06:03 | |
| 3. | Gyula Kellner | Ungarn | 3:06.35 | |
| 4. | Ioannis Vrettos | Griechenland | ? | |
| 5. | Eleftherios Papasymeon | Griechenland | ? | |
| 6. | Dimitrios Deligiannis | Griechenland | ? | |
| 7. | Evangelos Gerakaris | Griechenland | ? | |
| 8. | Stamatios Masouris | Griechenland | ? | |
| 9. | Sokratis Lagoudakis | Griechenland | ? | |
| | Edwin Flack | Australien | | DNF |
| | Albin Lermusiaux | Frankreich | | DNF |
| | Ioannis Lavrentis | Griechenland | | DNF |
| | Georgios Grigoriou | Griechenland | | DNF |
| | Arthur Blake | USA | | DNF |
| | Ilias Kafetzis | Griechenland | | DNF |
| | Dimitrios Christopoulos | Griechenland | | DNF |
| | Spyridon Belokas | Griechenland | | Disqualifiziert |